К.В. Шайтан, К.Б. Терёшкина
Молекулярная динамика белков и пептидов
Методическое пособие
Предисловие
1. Введение в метод молекулярной динамики
1.1. Физические основы метода молекулярной динамики
1.2. Температура и термостаты
1.2.1. Коллизионный (столкновительный) термостат
1.2.2. Термостат Берендсена
1.3. Длина траектории и эргодичность
1.4. Численное интегрирование. Метод Верле
1.5. Обработка результатов. Статистики
1.6. Сравнительный анализ результатов
1.7. Протокол молекулярной динамики
2. Практическая часть
2.1. Сборка молекулы с помощью программного пакета HyperChem
2.1.1. Создание модифицированного аминокислотного остатка
2.1.2. Помещение молекулы в водное окружение
2.1.3. Сохранение структуры
2.2. Изучение динамики молекулы с помощью программы MoDyp
2.2.1. Создание входных файлов для модуля premd.exe
Файл структуры *.ent и его описание *.pos
Файл структуры *.hin
Топологический справочник *.tpl
Силовое поле amber*.ff
2.2.2. Создание входных файлов для modyp.exe
Структура молекулы, *.str
Задание параметров *.prm
Задание статистик *.tsb
Запуск Modyp
2.3. Обработка результатов
2.3.1. Построение графиков статистик, которые были рассчитаны параллельно с траекторией. Использование пакета Matlab
Построение графиков. Использование drawstat.m
Примеры графиков для различных функций
Построение группы графиков. Проведение одномерного дисперсионного анализа. Форматы файлов nomes.dat, loadstat.m и dendrogram.m
2.3.2. Извлечение данных из траектории. Их обработка с помощью пакета Matlab
Использование утилиты trjdump.exe. Формат файла trjdump.batch
Построение графиков по данным, полученным с использованием trjdump.exe
3. Приложение
3.1. Изучение динамики поведения монопептида триптофана в водном окружении
3.2. Изучение динамики поведения модифицированного монопептида тирозина (с дополнительной гидроксидной группой) в столкновительной среде
3.3. Изучение динамики модифицированного полипептида СЕМАКС-05. Пример отчёта
Литература
Дополнительная литература